尾礦堆存時易流動和塌漏，造成植被破壞和傷人事故，尤其在雨季很容易引起塌陷和滑坡。尾礦庫壩體較高，存在隱患。
尾礦成分及殘留選礦藥劑對生態環境的破壞嚴重，尤其是含重金屬的尾礦，其中硫化物產生酸性水進一步淋浸重金屬，其流失將對整個生態環境造成危害。
目前，對尾礦的處理方法一般是作為礦山地下開采采空區的充填料，即水砂充填料或膠結充填的集料；或者有的直接在尾礦堆積場上覆土造田，種植農作物或植樹造林。其實尾礦經濟效益的處理方法還是尾礦制砂和作為建筑材料的原料，例如經過處理的尾礦可以作為水泥、瓦、加氣混凝土、透水磚、耐火材料、防火保溫材 料、玻璃、陶粒、混凝土集料等的原料，尾礦砂可以替代一部分的機制砂用來制作混凝土、修筑公路、路面材料等。
當尾礦中含有毒性物質或放射性物質或重金屬離子時，原則上不允許含有害物質污染地下水，因此要做防滲處理。
目前，國內外防滲應用的塑料薄膜，主要有 復合土工膜、高密度聚乙烯（HDPE）土工膜和EVA土工膜等，土工膜是一種延伸性較強，適應變形能力高，耐腐蝕，耐低溫，抗凍性能好。